Comúnmente conocido como el Hermano Rafael, nació en la ciudad de Burgos el 9 de abril de 1911. Bautizado en la iglesia de Santa Gadea el 21 del mismo mes, fue el primer hijo de los cuatro que tuvieron Rafael Arnáiz y Mercedes Barón. Don Rafael, que estudió Derecho, ejercía como ingeniero de Montes. Doña Mercedes era cronista en algunos periódicos y revistas, escribiendo en las páginas de sociedad con cierta frecuencia. Rafael hizo su Primera Comunión en la iglesia de la Visitación del Monasterio de las Salesas, en Burgos, el 25 de octubre de 1919. Un año después entró en el colegio que los jesuitas tenían en Burgos.
En el colegio fue miembro de la Congregación de María Inmaculada y recibió premios por su aplicación en el estudio y buena conducta. Sin embargo, pasó casi todo su primer año en él enfermo, primero de unas fiebres coli-bacilares y nada más sanar de éstas, de una pleuresía que había tenido latente. Cuando por fin se restableció completamente su padre le llevó al Pilar de Zaragoza para dar gracias a la Virgen por su curación.
Al año siguiente se trasladó con su familia a Oviedo, e ingresó como externo en el colegio San Ignacio de Loyola de la Compañía de Jesús. En el año 1926 comienza a recibir clases de dibujo y pintura, a petición suya, del pintor Eugenio Tamayo. El año 1929 terminó el bachillerato con la intención de estudiar Arquitectura, carrera en la que mezclaría su pasión por el arte con la ciencia. Con 18 años recién cumplidos, Rafael se fue a pasar el verano a Ávila con sus tíos, los Duques de Maqueda, a los que siempre estuvo muy unido.
Aprobadas las primeras asignaturas de la preparación para Arquitectura, Rafael hizo una excursión por Castilla, deteniéndose principalmente en Salamanca para admirar las obras arquitectónicas de la ciudad. Después, de vuelta en Ávila, pintó unas vidrieras para la capilla de sus tíos. Sufrió entonces unas fiebres palúdicas no muy graves, de las cuales se repuso en cuanto volvió a su hogar en Oviedo. En octubre de 1930 Rafael visita el Monasterio de San Isidro de Dueñas (también conocido como La Trapa) por primera vez, y la visita sembrará en él la semilla de la vocación monástica.
Fueron tantas sus virtudes religiosas, que cuatro veces salió del Monasterio, debido a su enfermedad, la diabetes, que posteriormente causó su prematuro deceso. Pero Rafaél ofreció sus dolores y sufrimientos a Cristo, como acto de penitencia y propiciación por los pecados, tanto los suyos, como de su gente.
Al llegar a la adolescencia, se revela en Rafael una notable riqueza humana, intelectual y espiritual, que se manifiesta en su talante personal abierto y positivo, y en su profunda sensibilidad que se va desarrollando en inquietudes y en contacto con la naturaleza, la pintura y las demás artes. La armónica integración en su personalidad de este conjunto de elementos con la visión y el sentido cristiano de la vida y de la realidad, hacen cristalizar en él, aún después de haber iniciado la carrera de arquitectura, la vocación monástica cisterciense, por la que opta - según sus propias palabras -: "siguiendo los dictados de su corazón hacia Dios, y el ansia de llenarse de Él". Así ingresó en el monasterio cisterciense de San Isidoro de Dueñas, el 15 de enero de 1934, presentando como único bagaje personal "un corazón muy alegre y con mucho amor a Dios".
A partir de entonces parece como que el proceso personal de Rafael se precipitara: sólo le quedan cuatro años de vida, pasados en temporadas alternativas entre la casa familiar y la comunidad monástica, a causa de una diabetes sacarina, manifestada repentinamente a los cuatro meses de su ingreso. La enfermedad le obligó a dejar el noviciado y marcó, con su evolución, las distintas salidas y reingresos, que ponen en evidencia la firmeza de su convicción vocacional y la generosidad de su entrega, hasta morir en la enfermería del monasterio el 26 de abril de 1938.
Pese a la brevedad y el particular desarrollo de su vida y vocación, y como si su evolución espiritual se hubiera realizado a presión debido a esa misma brevedad y a las circunstancias excepcionales, Rafael aparece como la realización plena de la gracia vocacional cisterciense: polarizado por Dios, como lo refleja su expresión característica: "¡ Sólo Dios !" Rafael es testigo y testimonio de la trascendencia y de lo absoluto de Dios. No tanto de un Dios del que se saben muchas cosas, cuanto un Dios experimentado en la propia vida como Amor absoluto. La única aspiración de la existencia de Rafael fue "vivir para amar": amar a Jesús, amar a María, amar la Cruz, amar su querido monasterio. Esta es la nota sobresaliente de su personal y rica espiritualidad. Su propio sufrimiento, aceptado como gracia de Dios, fue el despojo final que expresó este amor y lo purificó, al preparar a Rafael para la visión definitiva de Dios.
El Hermano María Rafael fue proclamado por el Papa Juan Pablo II como modelo para todos los jóvenes del mundo y, el 27 de septiembre de 1992, fue declarado Beato por el mismo Papa.
El Hermano Rafael Arnaiz Barón murió en el Monasterio Trapense de San Isidro de Dueñas, en Palencia, el 26 de abril de 1938, a la edad de 27 años
Hoy sus escritos están traducidos, de forma total o parcial, al francés, inglés, alemán, japonés, portugués y polaco. Dentro de la abundante bibliografía sobre su figura y escritos, destacan:
- Vida y escritos (Ed. Perpetuo Socorro. Madrid).
- Obras Completas (Ed. Monte Carmelo. Burgos).
Y entre los estudios sistemáticos de su figura y espiritualidad:
- El deseo de Dios y la ciencia de la Cruz: Aproximación a la experiencia religiosa del Hermano Rafael (Desclée. Bilbao, 1996), de Antonio Mª Martín Fernández-Gallardo, monje cisterciense de San Isidoro de Dueñas.
Fue canonizado por la Iglesia católica en el 2009
«...El Hermano Rafael, aún cercano a nosotros, nos sigue ofreciendo con su ejemplo y sus obras un recorrido atractivo, especialmente para los jóvenes que no se conforman con poco, sino que aspiran a la plena verdad, a la más indecible alegría, que se alcanzan por el amor de Dios. ‘Vida de amor... He aquí la única razón de vivir’”, dice el nuevo santo. E insiste: ‘Del amor de Dios sale todo’. Que el Señor escuche benigno una de las últimas plegarias de San Rafael Arnáiz, cuando le entregaba toda su vida, suplicando: ‘Tómame a mí y date Tú al mundo’. Que se dé para reanimar la vida interior de los cristianos de hoy. Que se dé para que sus hermanos de la Trapa y los centros monásticos sigan siendo ese faro que hace descubrir el íntimo anhelo de Dios que Él ha puesto en cada corazón humano...» Homilía de Benedicto XVI el día de su canonización.